Meski program di level tim nasional dihentikan sementara, FAM mengklarifikasi pada Desember 2021 bahwa proses naturalisasi di level klub tetap diizinkan untuk berjalan. Hal ini menciptakan sistem jalur ganda yang sedikit membingungkan, di mana klub bisa terus merekrut sementara timnas "berpuasa".
Sebuah momen penting yang menjadi pertanda akan adanya masalah di masa depan terjadi pada Agustus 2024. Saat itu, Sekretaris jenderal FAM secara terbuka menyatakan bahwa asosiasi akan "memberantas pemalsuan dokumen sepakbola." Pernyataan ini mengindikasikan bahwa FAM sebenarnya sudah menyadari adanya potensi masalah integritas dokumen jauh sebelum skandal ini meledak.
Periode ini menunjukkan sebuah program yang sedang dalam fluktuasi, dengan kebijakan yang sering berubah. Di saat yang sama, kekhawatiran mendasar mengenai keabsahan dokumen tampaknya sudah menjadi isu yang disadari oleh internal FAM sendiri, yang menjadi sebuah ironi mengingat sanksi yang dijatuhkan FIFA kemudian.
Memasuki tahun 2025, program naturalisasi Malaysia mengalami akselerasi yang sangat cepat. Pada Januari, FAM mengungkapkan bahwa mereka sedang dalam proses mempersiapkan dokumen untuk empat pemain warisan baru, meskipun status persetujuan akhir dari pemerintah dan kementerian masih menggantung.
